Ryuuko Matoi saapuu Honnoujin yläkouluun kesken lukuvuoden valtavaa, saksien puolikkaan muotoista miekkaa kantaen. Hän etsii isänsä tappajaa, jolla on hallussaan saksien toinen puolikas, ja huhun mukaan oppilaskunnan puheenjohtaja Satsuki Kiriyuu tietää, kuka tappaja on. Tietoa saadakseen Ryuukon on käytävä koulua rautaisessa otteessaan pitävää puheenjohtajaa vastaan, ja siinä häntä auttaa erityisvoimia antava koulupuku.