Kaksi kuningatarta kertoo Maria Stuartin myrskyisästä elämästä. 16-vuotiaana Ranskan hallitsijaksi noussutta ja 18-vuotiaana leskeksi jäänyttä Mariaa painostetaan uuteen avioliittoon. Hän palaa synnyinmaahansa Skotlantiin ottaakseen uudelleen haltuunsa hänelle kuuluvan kruunun. Perimänsä vuoksi hänellä on oikeus myös Englannin kuningattaren Elisabeth I:n kruunuun. Kamppaillessaan vallasta ja rakkaudesta kuningattaret tekevät erilaisia valintoja. Petokset, salaliitot ja kapinat vetävät naisia erilleen ja he saavat kokea vallan aiheuttaman katkeran hinnan.