Pertti tuntee olonsa usein yksinäiseksi odottaessaan isää ja äitiä töistä kotiin. Hän ei tiedä, että hänen vuoteensa alla on rotankolo. Peukalonmittainen Pekka on muuttanut sinne rotalta vuokramaansa pikkuruiseen asuntoon. Eräänä päivänä Pertti ja Pekka kohtaavat, ja Pekka kutsuu Pertin kotiinsa rotankoloon. Ihmeellistä: kun Pertti sanoo taikasanan ja kiertää naulaa, hän kutistuu peukalon kokoiseksi. Nyt Pertillä on seuraa. Hän voi viettää aikaa uuden ystävänsä kanssa ja palata taas kotiin tavallisen kokoisena Perttinä. Isä ja äitikin huomaavat, että poika on jälleen hyvällä tuulella - mutta heille ei kerrota Pekka Peukaloisen olemassaolosta, sillä se on salaisuus. Pekka Peukaloinen on Astrid Lindgrenin ihastuttavimpia tarinoita. Ilon Wiklandin värikkäät kuvat vievät lukijan sadun maailmaan.